En savoir plus

A propos des cookies

Qu’est-ce qu’un « cookie » ?

Un "cookie" est une suite d'informations, généralement de petite taille et identifié par un nom, qui peut être transmis à votre navigateur par un site web sur lequel vous vous connectez. Votre navigateur web le conservera pendant une certaine durée, et le renverra au serveur web chaque fois que vous vous y re-connecterez.

Différents types de cookies sont déposés sur les sites :

  • Cookies strictement nécessaires au bon fonctionnement du site
  • Cookies déposés par des sites tiers pour améliorer l’interactivité du site, pour collecter des statistiques

> En savoir plus sur les cookies et leur fonctionnement

Les différents types de cookies déposés sur ce site

Cookies strictement nécessaires au site pour fonctionner

Ces cookies permettent aux services principaux du site de fonctionner de manière optimale. Vous pouvez techniquement les bloquer en utilisant les paramètres de votre navigateur mais votre expérience sur le site risque d’être dégradée.

Par ailleurs, vous avez la possibilité de vous opposer à l’utilisation des traceurs de mesure d’audience strictement nécessaires au fonctionnement et aux opérations d’administration courante du site web dans la fenêtre de gestion des cookies accessible via le lien situé dans le pied de page du site.

Cookies techniques

Nom du cookie

Finalité

Durée de conservation

Cookies de sessions CAS et PHP

Identifiants de connexion, sécurisation de session

Session

Tarteaucitron

Sauvegarde vos choix en matière de consentement des cookies

12 mois

Cookies de mesure d’audience (AT Internet)

Nom du cookie

Finalité

Durée de conservation

atid

Tracer le parcours du visiteur afin d’établir les statistiques de visites.

13 mois

atuserid

Stocker l'ID anonyme du visiteur qui se lance dès la première visite du site

13 mois

atidvisitor

Recenser les numsites (identifiants unique d'un site) vus par le visiteur et stockage des identifiants du visiteur.

13 mois

À propos de l’outil de mesure d’audience AT Internet :

L’outil de mesure d’audience Analytics d’AT Internet est déployé sur ce site afin d’obtenir des informations sur la navigation des visiteurs et d’en améliorer l’usage.

L‘autorité française de protection des données (CNIL) a accordé une exemption au cookie Web Analytics d’AT Internet. Cet outil est ainsi dispensé du recueil du consentement de l’internaute en ce qui concerne le dépôt des cookies analytics. Cependant vous pouvez refuser le dépôt de ces cookies via le panneau de gestion des cookies.

À savoir :

  • Les données collectées ne sont pas recoupées avec d’autres traitements
  • Le cookie déposé sert uniquement à la production de statistiques anonymes
  • Le cookie ne permet pas de suivre la navigation de l’internaute sur d’autres sites.

Cookies tiers destinés à améliorer l’interactivité du site

Ce site s’appuie sur certains services fournis par des tiers qui permettent :

  • de proposer des contenus interactifs ;
  • d’améliorer la convivialité et de faciliter le partage de contenu sur les réseaux sociaux ;
  • de visionner directement sur notre site des vidéos et présentations animées ;
  • de protéger les entrées des formulaires contre les robots ;
  • de surveiller les performances du site.

Ces tiers collecteront et utiliseront vos données de navigation pour des finalités qui leur sont propres.

Accepter ou refuser les cookies : comment faire ?

Lorsque vous débutez votre navigation sur un site eZpublish, l’apparition du bandeau « cookies » vous permet d’accepter ou de refuser tous les cookies que nous utilisons. Ce bandeau s’affichera tant que vous n’aurez pas effectué de choix même si vous naviguez sur une autre page du site.

Vous pouvez modifier vos choix à tout moment en cliquant sur le lien « Gestion des cookies ».

Vous pouvez gérer ces cookies au niveau de votre navigateur. Voici les procédures à suivre :

Firefox ; Chrome ; Explorer ; Safari ; Opera

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de INRAE par email à cil-dpo@inrae.fr ou par courrier à :

INRAE
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

Menu FR AIB logos Tutelles : CNRS - UT3 (Université Paul Sabatier)

FR AIB

B. Guillotin : Checkpoints in cellular programming during root regeneration: a single cell resolution

29 octobre à 11h - Webinaire

B. Guillotin : Checkpoints in cellular programming during root regeneration
© NYU - modifié
Bruno Guillotin, post-doctorant à l'université de New Yory (NYU), Center For Genomics & Systems Biology, équipe de Kenneth Birnbaum, présentera ses travaux le 29 octobre prochain.

Abstract

Plant organogenesis involves the establishment and the long-term maintenance of a stem cell niche within the meristem resulting in the indeterminate growth of roots and stems. In addition, plants have an incredible ability to regenerate their roots even after the stem cell niche has been removed (upon wounding for example). During this process, cells present around the wounding site will start to change their identities, divide and reform a fully functional root with a brand-new stem cell niche within several days. Yet, the mechanisms underlying this capacity of plant to fully regenerate are still poorly understood. Hence, we use single-cell RNA-seq profiling in a time course during root regeneration to track the different genetic programs and the dynamics of cellular reprograming.

Schema-roots

Checkpoints in cellular programming during root regeneration: a single celle resolution

We developed novel approach that combines topic modeling and machine learning to identify the specific cells undergoing regeneration and trace their reprogramming using our time lapse series.

In addition, we used a pharmacological approach to analyze the role of chromatin remodeling and cell cycle in the process of cell fate switching. We thereby identified that certain genes are primed and can be activated rapidly during regeneration while other require opening of new chromatin regions to be expressed, ending in the transition to a new, specialized cell type. We also identified a set of genes requiring mechanisms that typically work to shut chromatin accessibility, showing that the loss of previous identity is crucial for a full identity switch. The work provides clues about the different mechanisms that shut down an old cell identity and allow transition to a new one. In addition, our new machine learning tool can lead to the fast and easy identification of cryptic cell states during cellular changes like the signature of trans differentiation.

A short summary about the potential of single nuclei RNAseq vs single Cell RNAseq, on multiple plant species (Arabidopsis, Maize, Sorghum, Setaria).

Bruno Guillotin

A propos de l'intervenant :

Ancien doctorant de Guillaume Bécard et Jean-Philippe Combier, Bruno souhaite partager les dernières avancées sur le single cell RNA seq. Il poursuit des collaborations avec Jean-Malo Couzigou et Sandra Bensmihen sur un sujet similaire.

Url : https://youtu.be/kiUkReZUGGo